Das Appenzellerland ist reich an kleineren und grösseren Bächen, welche die Landschaft gliedern und bereichern. Allerdings hinterlassen Abwässer aus Kläranlagen, von Strassen und Plätzen, aber auch die Landwirtschaft und die Wasserkraftnutzung deutliche Spuren in den Gewässern. Um die Qualität dieser Fliessgewässer weiter zu verbessern und Handlungsbedarf aufzuzeigen, werden die Bäche der Einzugsgebiete Sitter, Urnäsch, Glatt, Goldach und des Rheintaler Binnenkanals in diesem Jahr erneut untersucht.
Die Untersuchungen beginnen Ende März und dauern bis Mitte Oktober. Es werden Erhebungen der Abflussverhältnisse, des äusseren Erscheinungsbildes, der Gewässerbiologie, der chemisch-physikalischen Kenngrössen sowie der Nährstoffe durchgeführt und ausgewertet. Auch wird überprüft, ob die ökologischen Ziele für Fliessgewässer gemäss Gewässerschutzverordnung eingehalten werden und ob Verbesserungen im Vergleich zu früheren Untersuchungen festzustellen sind. Im September werden zudem die Fischbestände in der Glatt, der Urnäsch, im Rotbach und Klusbach an mehreren Stellen erhoben und untersucht, wie gut die natürliche Reproduktion im Gewässer funktioniert.
Die Appenzeller Fliessgewässer wurden im 2013 zum fünften Mal umfassend überprüft. Anhand der chemischen und biologischen Kenngrössen wurde vielerorts eine gute bis sehr gute Gewässerqualität festgestellt. Allerdings erfüllten diverse Gewässerabschnitte die gesetzlichen Anforderungen noch nicht vollumfänglich. Die fischereiliche Untersuchung wurde damals zum zweiten Mal durchgeführt. Auch die Fischuntersuchung deckte an mehreren Stellen erhebliche Defizite hinsichtlich der Populationsstruktur auf, deren Ursache nicht offensichtlich war. Die Detailergebnisse der Untersuchung 2013 sind auf den Internetseiten der beiden Umweltämter abrufbar.